Entre 1616 y 1777, el edificio que más tarde se conocería como el Museo Arqueológico Nacional sirvió inicialmente como sede de la Universidad de Nápoles y también como cuartel de caballería. En el siglo XVIII, Carlos III de Borbón fundó el museo, conocido originalmente como Museo Real de Borbón, impulsado por su interés por el arte y la cultura. Su objetivo era albergar las antigüedades que había heredado de su madre, Elisabetta Farnese, y los tesoros de las ciudades de Herculano y Pompeya, recién descubiertas y ambas devastadas por la erupción del Vesubio.
Más tarde, Fernando VI, el hijo de Carlos III, amplió aún más la colección del museo al incorporar a su colección los objetos romanos de Elisabetta Farnese y los hallazgos del Vesubio. Durante la dominación francesa en Nápoles, se crearon las primeras instalaciones del museo.
