De 1616 a 1777, el edificio que más tarde se conocería como Museo Arqueológico Nacional sirvió inicialmente como sede de la Universidad de Nápoles y también como cuartel de caballería. En el siglo XVIII, Carlos III de Borbón fundó el museo, originalmente conocido como Museo Real Borbónico, movido por su interés por el arte y la cultura. Su objetivo era albergar las antigüedades heredadas de su madre, Elisabetta Farnese, y los tesoros de las recientemente descubiertas ciudades de Herculano y Pompeya, ambas devastadas por la erupción del Monte Vesubio.
Más tarde, Fernando VI, hijo de Carlos III, enriqueció aún más la colección del museo conservando en él los objetos romanos y los hallazgos vesubianos de Elisabetta Farnesio. Durante la dominación francesa en Nápoles, se organizaron las primeras instalaciones para el museo.
