Dal 1616 al 1777, l'edificio che in seguito sarà conosciuto come Museo archeologico nazionale di Napoli servì inizialmente come sede dell'Università di Napoli e come caserma di cavalleria. Nel XVIII secolo, Carlo III di Borbone istituì il museo, originariamente conosciuto come Museo Reale Borbonico, spinto dal suo interesse per l'arte e la cultura. Il suo obiettivo era quello di ospitare le antichità ereditate da sua madre, Elisabetta Farnese, e i tesori delle città di Ercolano e Pompei, recentemente scoperte, entrambe devastate dall'eruzione del Vesuvio.
In seguito, Ferdinando VI, figlio di Carlo III, arricchì ulteriormente la collezione del museo curando i manufatti romani e i reperti vesuviani di Elisabetta Farnese. Durante la dominazione francese a Napoli, furono organizzati i primi servizi per il museo.