De 1616 à 1777, le bâtiment qui deviendra plus tard le Musée national archéologique a d'abord servi de siège à l'Université de Naples et de caserne de cavalerie. Au XVIIIe siècle, Charles III de Bourbon a créé le musée, connu à l'origine sous le nom de Musée national de Naples, en raison de son intérêt pour l'art et la culture. Il visait à abriter les antiquités héritées de sa mère, Elisabetta Farnese, et les trésors des villes récemment découvertes d'Herculanum et de Pompéi, toutes deux dévastées par l'éruption du Vésuve.
Plus tard, Ferdinand VI, le fils de Charles III, enrichit encore la collection du musée en y conservant les objets romains et les découvertes vésuviennes d'Elisabetta Farnese. C'est sous la domination française à Naples que les premières infrastructures du musée ont été organisées.