Daha sonra Napoli Ulusal Arkeoloji Müzesi olarak bilinecek olan bina, 1616-1777 yılları arasında Napoli Üniversitesi'nin merkezi ve süvari kışlası olarak hizmet vermiştir. 18. yüzyılda Bourbonlu III. Charles, sanat ve kültüre olan ilgisi nedeniyle orijinal adı Kraliyet Bourbon Müzesi olan müzeyi kurmuştur. Annesi Elisabetta Farnese'den miras kalan antik eserleri ve Vezüv Yanardağı'nın patlamasıyla harap olan Herculaneum ve Pompeii şehirlerinin yeni keşfedilen hazinelerini barındırmayı amaçlıyordu.
Daha sonra III. Charles'ın oğlu Ferdinand VI, Elisabetta Farnese'nin Roma eserlerini ve Vezüv buluntularını müzeye yerleştirerek müzenin koleksiyonunu daha da zenginleştirmiştir. Napoli'deki Fransız hâkimiyeti sırasında müze için ilk tesisler düzenlenmiştir.