Från 1616-1777 fungerade byggnaden som senare skulle bli känt som Det nationelarkeologiska museet ursprungligen som säte för Neapels universitet och även som kavallerikasern. på 1700-talet grundade Karl III av Bourbon museet, ursprungligen känt som Royal Bourbon Museum, drivet av hans intresse för konst och kultur. Han ville ta hand om antikviteter som han ärvt av sin mor, Elisabetta Farnese, och skatterna från de nyligen upptäckta städerna Herculaneum och Pompeji, som båda förstördes av Vesuvius utbrott.
Senare berikade Ferdinand VI, Karl III:s son, museets samling ytterligare genom att ta hand om Elisabetta Farneses romerska Artefakter och Vesuvianska fynd i museet. Under det franska herraväldet i Neapel organiserades de första faciliteterna för museet.