В 1616-1777 годах здание, которое позже станет известно как Национальный археологический музей, изначально служило резиденцией Неаполитанского университета, а также кавалерийскими казармами. В XVIII веке Карл III Бурбон основал музей, первоначально известный как Королевский музей Бурбонов, руководствуясь своим интересом к искусству и культуре. Его целью было разместить у себя предметы старины, унаследованные от его матери, Элизабетты Фарнезе, и сокровища из недавно открытых городов Геркуланум и Помпеи, опустошенных извержением Везувия.
Позже Фердинанд VI, сын Карла III, еще больше обогатил коллекцию музея, передав в него римские артефакты и везувийские находки Элизабетты Фарнезе. Во времена французского господства в Неаполе были организованы первые удобства для музея.