În perioada 1616-1777, clădirea care va fi cunoscută mai târziu drept Muzeul Național de Arheologie a servit inițial drept sediu al Universității din Napoli și, de asemenea, drept cazarmă de cavalerie. În secolul al XVIII-lea, Carol al III-lea de Bourbon a înființat muzeul, cunoscut inițial drept Muzeul Regal de Bourbon, motivat de interesul său pentru artă și cultură. Scopul său era să găzduiască antichitățile moștenite de la mama sa, Elisabetta Farnese, și comorile din orașele Herculaneum și Pompei, recent descoperite, ambele devastate de erupția Muntelui Vezuviu.
Mai târziu, Ferdinand al VI-lea, fiul lui Carol al III-lea, a îmbogățit și mai mult colecția muzeului, conservând în cadrul muzeului artefactele romane și descoperirile vesuviane ale Elisabethei Farnese. În timpul dominației franceze în Muzeu, au fost organizate primele facilități pentru muzeu.