De 1616 a 1777, o edifício que mais tarde seria conhecido como Museu Arqueológico Nacional serviu inicialmente como sede da Universidade de Nápoles e também como quartel de cavalaria. No século XVIII, Carlos III de Bourbon estabeleceu o museu, originalmente conhecido como Museu Real Bourbon, impulsionado por seu interesse em arte e cultura. Seu objetivo era abrigar as antiguidades herdadas de sua mãe, Elisabetta Farnese, e os tesouros das cidades recém-descobertas de Herculano e Pompeia, ambas devastadas pela erupção do Vesúvio.
Mais tarde, Ferdinando VI, filho de Carlos III, enriqueceu ainda mais a coleção do museu ao fazer a curadoria dos artefatos romanos de Elisabetta Farnese e das descobertas do Vesúvio no museu. Durante a dominação francesa em Nápoles, foram organizados os primeiros serviços para o museu.
