W latach 1616-1777 budynek, który później będzie znany jako Narodowe Muzeum Archeologiczne, początkowo służył jako siedziba Uniwersytetu w Neapolu, a także jako baraki kawalerii. W XVIII wieku Karol III Burbon założył muzeum, pierwotnie znane jako Królewskie Muzeum Burbonów, kierując się swoim zainteresowaniem sztuką i kulturą. Jego celem było przechowywanie antyków odziedziczonych po matce, Elisabetcie Farnese, oraz skarbów z niedawno odkrytych miast Herkulanum i Pompeje, które zostały zniszczone przez erupcję Wezuwiusza.
Później Ferdynand VI, syn Karola III, jeszcze bardziej wzbogacił kolekcję muzeum, umieszczając w nim rzymskie artefakty Elisabetty Farnese i znaleziska z Wezuwiusza. Podczas francuskiej dominacji w Neapolu zorganizowano pierwsze udogodnienia dla muzeum.
