Het Nationaal Archeologisch Museum van Napels herbergt een uitgebreide collectie oude Egyptenaren en is daarmee een van de grootste ter wereld. Hoogtepunten zijn de Naoforo Farnese, Charta Borgiana en De Dame van Napels.

De inscripties in deze collectie, die zich uitstrekken van de 6e eeuw voor Christus tot de 2e eeuw na Christus, bieden een uniek taalkundig venster op Midden- en Zuid-Italië. Hoogtepunten zijn de Marmeren steen uit Pozzuoli en de Kiezelinscriptie in Oscaans alfabet uit Altilia.

De Farnese Collectie, een verzameling uit de Renaissance, gaat terug tot Alexander Farnese, die later het pausdom beklom als paus Paulus III in 1534. Deze collectie is samengesteld via transacties op antiquariaten, confiscaties en archeologische opgravingen. Hoogtepunten zijn de Farnese Stier en de Farnese Hercules.

Het museum herbergt een spectaculaire collectie mozaïeken, voornamelijk afkomstig van de opgravingen in Pompeii en nabijgelegen Vesuviaanse steden. Opmerkelijke meesterwerken zijn het Alexander Mozaïek, Portret van een vrouw in mozaïek en de mozaïeken van Dioskurides.

Het Napels Museum heeft de unieke en intrigerende Geheime Kamer, met een verzameling van 250 seksueel expliciete artefacten die zijn ontdekt tijdens opgravingen in Pompeii en Herculaneum. Hoogtepunten zijn het standbeeld van Pan copulerend met een geit en Leda en de Zwaan.

Deze collectie bevat een uitgebreide reeks munten, die hun geschiedenis volgen vanaf de vroegste muntslag in Magna Graecia tot de munten die werden uitgegeven tijdens het Koninkrijk der Twee Siciliën. Mis de Aureo van Augustus en de Fullonic uit deze collectie niet.