Von 1616 bis 1777 diente das Gebäude, das später als Archäologisches Museum Athen bekannt wurde, zunächst als Sitz der Universität von Neapel und als Kavalleriekaserne. Im 18. Jahrhundert gründete Karl III. von Bourbon das Museum, das ursprünglich als Königlich-Bourbonisches Museum bekannt war, aufgrund seines Interesses an Kunst und Kultur. Sein Ziel war es, die von seiner Mutter Elisabetta Farnese geerbten Antiquitäten und die Schätze aus den kürzlich entdeckten Städten Herculaneum und Pompeji, die beide durch den Ausbruch des Vesuvs zerstört worden waren, unterzubringen.
Später bereicherte Ferdinand VI., der Sohn Karls III., die Sammlung des Museums weiter, indem er die römischen Artefakte und Vesuvfunde von Elisabetta Farnese in das Museum einbrachte. Während der französischen Herrschaft in Neapel wurden die ersten Einrichtungen für das Museum geschaffen.